Em novembro de 1998, ocorre um duplo homicídio no recém-construído complexo de apartamentos de Ogawa, no coração da cidade de Mifune. O assassino, Tomoe Enjou, fugiu em pânico. Para sua surpresa, ele não é perseguido pela polícia e as notícias do incidente não foram divulgadas por meios de comunicação. Depois que Shiki Ryougi defende Tomoe de um grupo de bandidos, ela permite que ele use sua residência como esconderijo. No entanto, alguns dias depois, Tomoe fica abalado ao descobrir que sua mãe está viva, mesmo que ele esteja convencido de que a matou. Coincidentemente, Mikiya Kokutou está investigando uma dica que seu associado Touko Aozaki recebe sobre o assassinato no único complexo de apartamentos. Enquanto ele descobre mais informações sobre o incidente, Mikiya se interessa por Tomoe. Decidindo investigá-lo ainda mais, Mikiya logo descobre a verdade perturbadora do pressentido complexo de Ogawa. O quinto capítulo da série de filmes Kara no Kyoukai, Mujun Rasen combina um mistério intricadamente construído com temas e personagens estabelecidos para produzir uma história sombria e instigante.