"Eu meio que compreendo agora... Você tem medo de perder as coisas, certo?"... A estação muda para o outono. A luta do protagonista e do seu grupo SEES. com os estranhos monstros chamados 'Sombras' está se aproximando do fim. Makoto e seus aliados se envolvem em batalhas de vida ou morte com as Sombras para acabar com a Hora das Trevas. Nessas batalhas, alguns devem enfrentar as mortes de amigos e familiares, alguns devem perceber que as coisas preciosas devem ser protegidas, e alguns devem encontrar significado nas batalhas que ocorreram. Diante de Makoto, surge o misterioso estudante transferido Ryouji Mochizuki. Quando o grupo recebe uma nova manhã, as engrenagens do destino começam a girar. Uma luta que gira em torno de cada um dos heróis começa...