Pokémon são criaturas maravilhosas que vêm em uma variedade de tipos e tamanhos, com habilidades, poderes e personalidades tão diversas quanto numerosas. O doutor Yukinari Ookido dedicou sua vida a estudar esses seres fascinantes, que podem ser capturados, treinados, trocados e combatidos uns contra os outros. Só há muito que ele pode fazer a partir de seu laboratório. Com isso em mente, Ookido confia a dois garotos um Pokémon próprio e uma enciclopédia computadorizada para catalogá-los. Um deles, Green, é impetuoso, apaixonado, um pouco arrogante e sobrinho do próprio Doutor Ookido. O outro menino, Red, é igualmente apaixonado e cheio de um senso de admiração de olhos arregalados e levemente ingênuo. Pokémon: The Origin segue Red em sua jornada pela região de Kanto em sua tentativa de completar sua "Pokédex" capturando e catalogando todos os Pokémon que existem. Ao longo do caminho, ele descobrirá que há mais para si mesmo e seus objetivos do que pensava originalmente. Red terá que colocar a si mesmo e seus Pokémon à prova em ginásios especiais cujos líderes estão a passos ao longo do caminho para a Liga Pokémon, a fim de desafiar o Elite Four e se tornar um Campeão da Liga Pokémon. Além dos objetivos de ser campeão, Red tem outros problemas para se formar. Há outros que capturam e treinam Pokémon por motivos mais sinistros, com a infame organização criminosa Team Rocket sendo um deles. Se Red conseguir derrotá-los, seus companheiros de treinador, seu rival Green e Pokémon selvagens através de Kanto, ele pode realizar seu próprio sonho, e o do Doutor Ookido.