Depois que sua mãe ganha uma viagem gratuita para as ilhas, o treinador Pokémon Satoshi e seu parceiro Pikachu vão para a Ilha Melemele, na bela região de Alola, que está repleta de novos Pokémon e até variações de rostos familiares. Ansiosos para explorar a ilha, Satoshi e Pikachu correm soltos de excitação, perdendo-se rapidamente enquanto perseguem um Pokémon. A dupla eventualmente se depara com a Escola Pokémon, uma instituição onde os alunos vêm para aprender mais sobre essas criaturas fascinantes. Na escola, quando ele e um dos alunos - o prático Kaki - tem um encontro com os bandidos nefastos da Equipe Skull, Satoshi descobre o poder esmagador dos Z-Moves, ataques poderosos originados da região de Alola que exigem que o treinador e o Pokémon estejam em sincronia. Mais tarde naquela noite, ele e Pikachu têm um encontro com a divindade guardiã Pokémon da Ilha Melemele, o misterioso Kapu Kokeko. O Pokémon da lenda concede a eles um Z-Ring, uma ferramenta necessária no uso dos Z-Moves. Deslumbrado com sua batalha anterior e agora com a posse de um Z-Ring, Satoshi e Pikachu decidem ficar para trás na região de Alola para aprender e dominar a força desses novos ataques poderosos. Inscrevendo-se na Escola Pokémon, Satoshi é acompanhada por colegas de classe como Lillie, que adora Pokémon, mas não consegue tocá-los, Kaki e muitos outros. Entre assistir às aulas, se defender da incômoda Equipe Rocket - que chegou a Alola para preparar o caminho para os planos futuros de sua organização - e enfrentar o Island Challenge que é necessário para dominar os Z-Moves, Satoshi e Pikachu enfrentar emocionante nova aventura.