Macross 7 ocorre 35 anos após Lynn Minmay trazer paz entre a raça de gigantes Zentradi e os humanos. Um jovem cantor e guitarrista chamado Nekki Basara da banda Fire Bomber acredita que sua música possa impedir conflitos como Lynn Minmay e acaba se colocando no meio de um combate entre as forças defensoras da colônia Macross 7 e inimigos desconhecidos. A partir de então Macross 7 se vê sob constante ataques de seres que roubam a "spiritia" das pessoas, deixando-as em estado similar ao de coma. Basara passa a entrar no meio de cada combate contra estas forças desconhecidas, usando sua música como arma.