No ano de 1999, uma nave espacial cai na Terra durante o auge de uma guerra mundial. Temendo que isso se tratasse de uma ameaça de invasão alienígena, os governos da Terra se unem para formar uma força de defesa unificada. Assim sendo, acabam por reconstruir a tal nave e renomeado-a para SDF-1-Macross (Super Dimensional Fortress-1-Macross).Anos mais tarde, durante um evento de lançamento da SDF-1-Macross e dos novos caças Valkyrie, uma frota de aliens (conhecidos como Zentraedis) atacam a Terra, gerando um terrível caos que leva os caças Valkyrie a atacar o inimigo, revelando sua verdadeira forma: Robôs Gigantes.Durante a guerra contra os Zentraedis, o sistema de hiperpropulsão da Macross é ativado por Ichijou Hikaru, um jovem piloto de aviões para malabarismos, fazendo com que ela vá parar na órbita de Plutão. Só que a Macross leva consigo a ilha onde estava ancorada, com mais de 50.000 habitantes. O que fazer? Iniciar a volta para casa, ora essa! E, como você já deve ter deduzido, essa volta não será nada fácil… Entre os civis a bordo da Macross está Lynn Minmay, uma jovem que, com sua voz única, dá esperanças a todo o contingente humano da nave de que um dia conseguirão voltar pra casa. Mas a jornada da Macross para voltar para a Terra terá diversos empecilhos...