Dois mundos existem, um ignorando a existência do outro. A fim de que um dos mundos prospere, o outro deverá perecer. No mundo perecível (Sylvarant) surgirá, de acordo com as lendas, O Escolhido: este estará encarregado de ir em uma jornada para restaurar o mana daquele mundo. Para concluir este feito será necessário acordar os Espíritos ("Spirits") e torna-se um anjo. Colette Brunel, A Escolhida dos Sylvarant, parte rumo a sua jornada acompanhada pelos seus melhores amigos: Lloyd Irving e Genius Sage. A medida que os três avançam na viagem, encontram mais amigos e um grande número de inimigos, enquanto aprendem mais e mais sobre a verdade por trás do Mundo da Regeneração ("The World Regeneration").