Dois anos se passam após "Bloody Monday", e Fujimaru leva uma vida tranquila. Até que um dia um avião é sequestrado por uma terrorista que leva a bordo uma bomba nuclear programada para explodir quando chegasse a Tóquio. Fujimaru é chamado pela THIRD-i mais uma vez para que ele tente impedir a explosão usando suas habilidades como hacker. Fujimaru, embora hesite em aceitar com receio de correr o risco de passar pelas mesmas tristezas e perdas de dois anos atrás, se vê sem escolhas e se junta à THIRD-i na luta contra os terroristas. Será que Fujimaru e as pessoas à sua volta sairão ilesas dessa luta? (Uploader: Satou Tatsuhiro)