Faz um ano desde o desaparecimento de Shiro, o Rei de Prata; Kurou Yatogami e Neko têm sido diligentes em sua busca, mas sem fim. Sua investigação leva a um desentendimento com membros do agora dissolvido Clã Vermelho HOMRA - Rikio Kamamoto e Anna Kushina - sendo perseguidos pelo Clã Verde, que desejam os poderes de Anna para seus próprios fins. Agora, os membros do Cetro 4 são chamados ao lado de Kurou e Neko, a fim de resgatar Anna, a mascote, e única membro feminina do Clã Vermelho arruinado, das garras do inimigo e, esperançosamente, encontrar Shiro usando os poderes da jovem. Em meio à crise, o grupo é forçado a uma luta pelo poder quando o Clã Verde ameaça ultrapassar o domínio do Rei Ouro. O segundo passo da série K Project, K: Missing Kings, continua a história de um garoto envolvido em uma guerra psíquica entre sete reis, e mostra as lutas de cada personagem após as perdas de seus respectivos Reis.