Passaram-se seis meses após os eventos do mangá original Yu-Gi-Oh!, Yugi Mutou e seus amigos estão em seu último ano do ensino médio e estão falando sobre o que eles vão fazer no futuro. Enquanto isso, Seto Kaiba solicitou uma escavação para recuperar o Enigma do Milênio (Millennium Puzzle) destruido das ruínas do "Santuário do Submundo". O item já havia abrigado a alma de seu rival, Atem, a quem ele espera reviver a fim de ter seu duelo de revanche. A escavação é interrompida por um homem misterioso, que enfrenta Kaiba em um jogo de "Monstros de Duelo" e rouba duas peças do Enigma que havia sido recuperado. Qual será a verdade por trás dos fatos?