No ano de 2013 em NO.6, a sonhada cidade ideal criada pela humanidade,vive o protagonista Shion, um menino que recebe educação de elite da cidade desde os 2 anos de idade. Bem no dia em que completou 12 anos, Shion encontra com um garoto chamado Nezumi (significa rato) que fugiu de uma "clínica de recuperação". Shion acaba colaborando com a fuga dele, mas seu envolvimento é descoberto pelas autoridades e como punição ele é expulso do distrito Chronos para Lost Town, o pior lugar da cidade para se morar. Passado quatro anos e na miséria, Shion agora é um fugitivo acusado de se opor á nação e com isso vai descobrindo toda conspiração que está por trás de NO.6.