Embora tenha crescido órfão, Nio Chirinu encontra um lugar para pertencer: ser garçom no restaurante de sua avó adotiva. Mas essa paz não dura muito; Nio e sua irmã Iroha são usados como isca para prender sequestradores de crianças por Toshizou Hijikata e Souji Okita — dois membros de um infame grupo de ronins chamado Miburo. Após o sofrimento, Toshizou propõe que Nio se junte às fileiras de Miburo e proteja o povo de Kyoto. Frustrado com sua própria fraqueza, Nio treina para igualar a habilidade com a espada de seus novos companheiros. Mesmo assim, ele luta para ser aceito por Tarou Tanaka e Hajime Saitou, os outros membros da Miburo de sua idade. Determinado a fazer amizade com eles, Nio precisa descobrir seu próprio senso de justiça e se tornar forte o suficiente para vencer todos os seus inimigos.