Um solitário do ensino médio recebe o emprego de meio período de sua vida como um ninja moderno encarregado de realizar assassinatos internacionais. Após a Segunda Guerra Mundial, o Comando Aliado no Japão desenvolveu uma nova agência para ajudar a gerenciar o terrorismo e a violência na região do Pacífico. A agência era composta por ninjas e eles foram inicialmente encarregados de lidar com assuntos internos. Eventualmente, esse programa cresceu até sua forma atual, gerenciando 20.000 ninjas em uma série de assuntos nacionais e internacionais. Um desses ninjas é Kudo. O perdedor do ensino médio de dezessete anos agora está pronto para ser a próxima linha de defesa contra um possível aumento de assassinos estrangeiros invadindo Tóquio.