A história de GOSICK acontece no ano de 1924 em uma pequena nação européia, a fantasiosa Saubure. O anime se concentra em Kazuya Kujo, o terceiro filho de um Soldado Imperial Japonês, que está estudando por intercâmbio na Academia Santa Margarida, onde as lendas urbanas e histórias de terror são assunto comum. Lá ele conhece a Victorique, uma garota linda e misteriosa que nunca aparece nas aulas e passa todo o seu tempo na biblioteca, devorando todos os livros ou resolvendo mistérios que os detetives não conseguem resolver. Acompanhem Kujo e Victorique enquanto eles se esforçam para resolverem todo o tipo de mistério assustador.