No século 22, jovens da ilha Tatsumiya vivem normalmente sem conhecer a verdadeira situação do resto do mundo e de seus habitantes, um mundo destruído em que sua população fora reduzida para menos de 2/3 de seu total. Festums, o nome dado aos inimigos, não são seres fáceis de se compreender, estão para além do humano. Através do fenômeno da assimilação, sua intenção é retornar toda existência ao estado primordial: o vácuo, o vazio, o nada, a não-existência. Esse foi o caminho que eles escolheram, mas a humanidade, assim como todo ser pode fazer, escolheu outro caminho: o estar aí (Anata wa soko ni imasuka?). Para se defender da força poderosa da Mir inimiga, os habitantes da ilha Tatsumiya desenvolveram sua própria Mir, em que crianças foram criadas para pilotar Fafners, robôs que somente elas, através dos elementos de Festums em seus genes, podem com eles se assimilar (tornar-se um) e pilotá-los. Com estes, os pilotos são capazes de anular a habilidade de ler mentes dos Festums, dificultando serem assimilados pelo inimigo, aumentando suas chances de derrotá-los. Festums são existências que não agem por emoções, mas o que os move então? Teriam eles sentimentos e razões assim como os humanos? Enquanto Festums não são uma individualidade (mas sim um coletivo que é ao mesmo tempo um, que permanece em constante processo de “conhecimento”) e “lutam” para voltar ao nada, os humanos lutam para aí estar, lutam em razão de algo maior que si próprios: o outro! É o outro que está aí que lhes dá força e razões para continuar sendo. Há dois caminhos em conflito, a existência e a não-existência. Qual você escolheria? Anata wa, soko ni imasuka?