Dez anos se passaram desde o fim do Bakumatsu, uma era de guerra que viu a revolta dos cidadãos contra o xogunato Tokugawa. Os revolucionários queriam criar um tempo de paz e um país próspero livre de opressão. A nova era Meiji chegou, mas a paz ainda não foi alcançada. As espadas são proibidas, mas as pessoas ainda são assassinadas nas ruas. Órfãos de veteranos de guerra ficam sem ter para onde ir, enquanto o governo parece satisfeito em apenas encher seus bolsos com dinheiro. Um samurai errante, Kenshin Himura, ainda trabalha para garantir que os valores pelos quais ele lutou e pelas vidas gastas para trazer a nova era. Uma vez conhecido como Hitokiri Battousai, ele era temido como o assassino mais implacável de todos os revolucionários. Agora assombrado pela culpa, Kenshin jurou nunca mais matar em expiação pelas vidas que tirou, e ele pode nunca conhecer a paz até que matar seja uma coisa do passado. Agora no 11º ano da era Meiji, Kenshin se depara com Kaoru Kamiya, proprietária e instrutora chefe de um pequeno dojo sendo ameaçado de fechar suas portas. A força policial é impotente para impedir a série de assassinatos cometidos em nome de seu dojo, por um homem que afirma ser o famoso Battousai. As andanças de Kenshin param enquanto ele se junta a Kaoru para limpar os nomes de ambos. Mas quanto tempo ele pode ficar antes que seu passado o alcance?