Em 2035, um incidente conhecido como "A Erupção" ocorre em uma instalação de pesquisa japonesa, dando origem à "Matéria" em rápida expansão, consumo e auto-replicação. Atravessando os restos de barragens e instalações militares no desfiladeiro de Kurobe, o hostil Matter é cercado por forças-tarefas que tentam impedi-lo de chegar ao oceano e mercenários que buscam a verdade por trás de sua existência. Aiko Tachibana vive sob constante vigilância médica após ser resgatada do Matter. Ela passa os dias esperando sua recuperação fazendo aviões de papel. Logo, seu cotidiano na escola é perturbado pela chegada da estudante Yuuya Kanzaki, que passa a apontar uma série de inconsistências em relação ao seu corpo. Por que ela nunca se machuca e por que, de repente, não precisa mais de sua cadeira de rodas? Ele afirma que há mais em sua existência do que ela foi levada a acreditar, e que só ela detém a chave para acabar com a erupção. Com muitas facções agora interessadas em Aiko, ela e Yuuya devem reunir aliados e embarcar em uma perigosa peregrinação no coração do desfiladeiro infestado antes que a rede possa se fechar ao seu redor. Para escapar da conspiração que se move contra eles, a dupla deve enfrentar a Matéria – um inimigo que flui como água.