A otaku Kirino Kousaka voltou e voltou à vida no Japão com seus amigos e familiares. Apesar do que seu irmão mais velho Kyousuke já fez por ela, Kirino continua a lhe dar o ombro frio, para sua frustração. Ele está preocupado que sua persuasão para Kirino abandonar seu treinamento de atletismo nos Estados Unidos e voltar para casa possa ter prejudicado severamente seu relacionamento com ela. Além disso, Kyousuke agora também tem que decodificar uma mensagem ousada e enigmática de Ruri "Kuroneko" Gokou, seu júnior na escola, bem como amigo de Kirino. À medida que os laços entre os dois irmãos e seus amigos se aprofundam, Kirino e Kyousuke logo terão que descobrir como querem lidar com esses relacionamentos, ajudando um ao outro a perceber seus próprios sentimentos no processo. Apesar disso, Kirino ainda consegue encontrar tempo para satisfazer suas necessidades otaku com a companhia de seu irmão.