A história se passa em Tóquio, no Japão, após 3ª guerra mundial. Alguns lugares atingidos deixaram buracos contaminados com radiação chamados "Black Spot". As pessoas que ainda vivem lá são conhecidas como "Needless" (Inúteis). Depois de atacar uma base inimiga, o grupo de Cruz Schild é completamente dizimado, entre as vitimas a sua própria irmã. Quando está prester a morrer, Cruz é salvo por um "Padre" misterioso. Assim, o jovem Cruz passa a servir o Padre e seus amigos.