No futuro distante, 5012. A súbita invasão aérea da Terra por (Aliens) e suas criações (Machine Lifeforms) levou a humanidade à beira da extinção. O número de humanos sobreviventes que se refugiaram na Lua para organizar um contra-ataque usando (android) soldados para recapturar a Terra. No entanto, a guerra chega a um impasse à medida que as (Formas de Vida da Máquina) continuam a se multiplicar infinitamente. Por sua vez, a humanidade implanta uma nova unidade de soldados androides como uma arma definitiva: YoRHa Recém-despachado para a Terra 2B se junta 9S , o analista atualmente estacionado lá, onde, em meio à sua missão, eles encontram uma miríade de fenômenos misteriosos ... Esta é a história desses androides sem vida e sua luta interminável pelo bem da humanidade.