Era Cósmica. Esta série começa com uma guerra entre a Terra e as colônias espaciais, semelhante a séries "A Guerra de um Ano" (One Year War) da série Gundam original, com elementos de New Mobile Report Gundam Wing e After War Gundam X. A linha de enredo é imensa. Em um lado a Aliança Terrestre (EAF em inglês), e no oposto as colônias espaciais que formam uma espécie de nação espacial chamada PLANT e sua divisão militar ZAFT (Aliança do Zodíaco do Tratado de Liberdade). Com novos feitos da ciência na área de engenharia genética, a raça humana classificada agora como "naturais" (Naturals), que são a maioria da população de habitantes da Terra e os geneticamente modificados como "Coordenadores" (Coordinators) que povoaram as colônias espaciais da PLANT. Como na trama da série original, a ZAFT ao descobrir a notícia de desenvolvimento de novos modelos de mobile suits pelo exército dos naturais da EAF, rapidamente invade a colônia espacial Heliópolis pertencente ao país neutro ORB, onde os mesmos estavam sendo desenvolvidos secretamente, com o plano de capturar os cinco protótipo Gundams. A ZAFT obteve êxito em roubar quatro dos protótipos. O joven Kira Yamato, estudante civil coordenador que vivia pacificamente com seus amigos na colônia acaba sendo envolvido na batalha na fábrica onde os Gundam estavam sendo desenvolvidos, sendo obrigado a pilotar o Gundam que a ZAFT não conseguiu roubar para sobreviver e proteger os amigos do ataque, o Gundam Strike, e forçado a lutar contra o velho amigo de infância Athrun Zala, um dos pilotos da ZAFT que estava na missão e obteve o Gundam Aegis.