A vida de volta ao cruzeiro após o Exame Especial da Ilha não é nada fácil. Quase imediatamente após seu retorno, os alunos do primeiro ano da Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School enfrentam mais um exame especial, com pontos de classe e individuais em jogo. Além do complicado conjunto de regras, mais problemas surgem na forma de Kakeru Ryuuen e Kei Karuizawa. Irritado com o resultado do teste anterior, Ryuuen está determinado a superar todas as classes no novo desafio usando todos os meios necessários. Enquanto isso, Karuizawa, um pilar crucial da Classe D, está perto de desmoronar sob a pressão de seu passado. O palco está agora montado para Kiyotaka Ayanokouji mais uma vez - usando toda a extensão de seu planejamento, previsão e manipulação implacável - conduzir a Classe D à vitória enquanto forças inimigas perigosamente próximas tentam derrubá-la.