Duzentos anos passaram e as pessoas raramente ouvem falar em bruxarias nos dias atuais. Uma recente mudança social no Japão levou a aumentar o número de incidência das atividades dos Bruxos "Witches" e como responsável pela situação a STN-J organizou um grupo de caçadores "Hunters" em uma luta desesperada de vida ou morte contra os bruxos. Nessas circunstâncias uma garota solitária de 15 anos é enviada diretamente para Tóquio, a princípio pouco se sabe sobre whrobin Sena, a não ser de que ela possui poderes parecidos com a dos bruxos e por isso é vista com preconceito pelos outros hunters. Durante o anime ficam claros alguns sacríficios necessários para se atingirem certos objetivos, mas quem determina o quão de sacrifício é necessário e se isso é realmente necessário? Até onde um luta pela existência pode interferir no destino alheio?