Na colônia marciana Quarta Tóquio está uma sala de aula das mentes mais brilhantes da Corporação Kirishina liderando o desenvolvimento aeroespacial: A-TEC, liderada pelo engenheiro gênio Kaito Sera, ansiosamente antecipando a chegada de seu mais novo membro. Logo fica claro, no entanto, que o estudante de transferência não é comum — Nagisa Kiryuu, recém-nomeada chefe da A-TEC e irmã mais nova do CEO da corporação, é enviada para encerrar o programa. Para manter a sala de aula viva, Kaito e seus alunos trabalham desesperadamente para desenvolver um sucessor para seu foguete mais poderoso, o X-2; Enquanto isso, Nagisa sobe a escada corporativa em busca de sua própria missão. Apesar disso, suas batalhas separadas logo revelam que muito mais está acontecendo na Corporação Kirishina do que parece.