2997 d.C., a Terra está unificada em uma só nação. Com uma civilização altamente desenvolvida, as pessoas estão passando seus dias, lânguidos e preguiçosos. Um dia, um objeto esférico grande cai na Terra do espaço. Acredita-se que seja trabalho do Capitão Harlock. Entretanto, era um alvo disparado por uma raça alienígena desconhecida, que planeja invadir a Terra. Há duas pessoas que conhecem este fato, Dr. Daiba, um cientista, e o Capitão Harlock, pirata do espaço. Entretanto, o Dr. Daiba é assassinado por um subordinado da Rainha Rafflesia de Mazone, que está conduzindo a invasão à Terra. Harlock, ciente da crise que cerca a Terra, começa a lutar contra Mazone.