Situada em Neo Tokyo, a história de Tribe Nine segue as aventuras de várias "tribos" de jovens que jogam partidas de XB ("eXtreme Baseball"). Diante desse cenário, Haru Shirokane, um menino que veio do "outro lado do mar", pretende ficar mais forte porque sempre se sente intimidado. Ele conhece Shun Kamiya, o líder da Tribo Minato - que é considerada a mais forte em Neo Tokyo - e os dois se unem devido a seu amor por XB. No entanto, não demora muito para que todas as tribos estejam sob a ameaça do misterioso Tenshin Otori, o auto-proclamado rei de Neo Tokyo, e dos membros da Tribo Chiyoda, que deseja conquistar todos.