Um ano se passou desde a Rebelião Negra, uma revolta fracassada contra o Sagrado Império Britannian liderada pelo vigilante mascarado Zero, que agora está desaparecido. Perdido sem seu líder revolucionário, o grupo de resistência da Área 11 - os Cavaleiros Negros - se encontra impotente demais para combater a brutalidade infligida aos Onze pela Britannia, que aumentou significativamente para destruir qualquer esperança de uma revolta futura. Lelouch Lamperouge, tendo perdido toda a memória de sua vida dupla, está vivendo pacificamente ao lado de seus amigos como um estudante do ensino médio na Ashford Academy. Sua ex-parceira C.C., incapaz de aceitar essa reviravolta nos acontecimentos, assume a tarefa de lembrá-lo de seu propósito passado, na esperança de que o idealizador Zero se levante mais uma vez para terminar o que começou, nesta emocionante conclusão da série.