Minato Sahashi é extremamente inteligente mas, devido à sua incapacidade de lidar com pressão, falhou duas vezes no vestibular. Como resultado, ele foi tachado de idiota e perdedor. Um dia ele conhece uma garota chamada Musubi, que estava sendo atacada. A menina corre, mas o leva junto e descobre que Minato, é um Ashikabi, um dos misteriosos mestres que possui a característica genética que o permite se tornar parceiro de uma das 108 garotas chamadas de "Sekirei". Esta parceria permite que a Sekirei use todo o seu poder para lutar no campeonato realizado pela misteriosa Corporação MBI.