Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi ocorre um ano após a derrota de Bagramon e companhia. Desde então, Taiki Kudou e Yuu Amano formaram um time de basquete com o colega de classe de Yuu, Tagiru Akashi. Um dia, Tagiru descobre uma área estranha chamada DigiQuartz, um reino estranho e instável que existe entre os mundos humano e digital. Ele então percebe que crianças em todo o mundo obtiveram Xros Loaders, bem como parceiros Digimon, para participar de uma competição chamada 'Digimon Hunt'. Os digimons que vagam do mundo digital para o DigiQuartz são capazes de se alimentar das emoções negativas que vazam do mundo humano. Isso torna o Digimon mais forte ao custo de ser extremamente violento. Como resultado, os Digimon Hunters devem trabalhar para impedir que estes Digimon causem estragos no mundo humano. Juntamente com o problemático Gumdramon, Tagiru pretende se tornar o melhor Digimon Hunter, o tempo todo sem saber das conexões anteriores de Taiki e Yuu com Digimon. No entanto, uma força sinistra se esconde com a criação do DigiQuartz, e os jovens Hunters logo perceberão que a Caçada Digimon é muito mais do que um simples jogo...