Seis meses se passaram desde a batalha vitoriosa da Britannia e a recuperação de Gallia dos invasores Neuroi. Yoshika Miyafuji, membro do famoso 501st Joint Fighter Wing, voltou para casa em Fuso e se formou no ensino médio. No entanto, sua luta está longe de terminar. Ela recebe uma carta supostamente enviada por seu falecido pai, contendo plantas de uma Unidade de Atacantes de última geração na qual ele estava trabalhando antes de sua morte. A Unidade, projetada especificamente para Yoshika, pode ser capaz de controlar seus extraordinários poderes mágicos. Enquanto isso, uma nova ameaça está surgindo na Europa. Um ninho Neuroi de tamanho e poder sem precedentes apareceu em Veneza, exterminando as forças locais das bruxas e engolindo instantaneamente a parte norte do país. Para piorar as coisas, um tipo humanóide de Neuroi recém-descoberto está tentando entrar em contato com humanos. Yoshika, incapaz de abandonar seus amigos na linha de frente, deve mais uma vez se aventurar no continente dilacerado pela guerra.