No continente de Polyphonica, os espíritos se materializam no mundo real, sobrevivendo através das músicas tocadas pelos humanos e assim vivendo junto com eles. Enquanto alguns espíritos não conseguem se materializar, outros têm o poder de se materializar na forma de humanos ou animais convivendo junto com os homens. Dantistas, que tocam um tipo especial de musica chamada "Commandia" são muito respeitados nesse mundo. Eles usualmente entram em contato com poderosos espíritos. A história de Shinkyouku Sokai Polyphonica gira em torno de um novo Dantista, Phoron Tatara, o espírito que ele fez um contrato, Corticarte Apa Lagranges, e seus amigos, contando as histórias de sua vida diária e de seu trabalho...