Nyan Koi conta a história de Jumpei Kousaka , um estudante colegial que após quebrar acidentalmente uma estátua de um gato é amaldiçoado com um estranho poder : agora ele pode ouvir tudo que os gatos estão falando . O problema do rapaz é que ele tem alergia aos bichanos e por causa de sua maldição , além de poder ouvi-los, ele depois de um tempo também irá se transformar em um gato!Para que isso não aconteça, Junpei é informado de que terá que salvar 100 gatos de situações perigosas e etc para que a maldição não tenha efeito e que ele continue sendo um humano normal. Se inicia então a história do garoto que de um dia para o outro começa a ouvir o pensamento dos gatos por todos os lados e que tem uma missão para que no futuro não se torne um também.