Situado no ano de 1937 às vésperas da Segunda Guerra Mundial, a história envolve uma misteriosa organização que treina espiões conhecida como Agência D. A organização é estabelecida pelo Tenente-Coronel Yuuki, do Exército Imperial Japonês. Seus ideais o levam a recrutar pessoas além de graduados da academia militar e pessoal, enquanto treina eles para serem agentes habilidosos na arte da manipulação. Esses agentes se tornariam um time especializado para conduzir operações. Um agente anti-herói, sob o nome de Gamou Jirou parte em uma missão angustiante para descobrir documentos secretos chamados de "Notas Negras", enquanto enfrenta forças dentro e fora de suas fileiras.