1945, o mais terrível ser vivo já encontrado invade a Terra. A humanidade forma uma coalizão para expulsar os invasores mas, infelizmente, a mais poderosa arma de destruição já criada pelos humanos não afeta os invasores e ainda contamina todo o planeta com cinzas e fumaça. Os invasores logo ficaram conhecidos como "Phantom Beasts", e a humanidade começou uma longa e desgastante batalha pela sobrevivência. A história de Gunparade March começa para valer quase 50 anos após estes eventos, mais precisamente em julho de 1999, em uma escola preparatória de cadetes localizada na cidade de Kumamoto (Japão). Numa manobra desesperada para tentar conter a invasão alienígena de todas as formas e salvar a Terra, é criado o serviço militar voluntário para jovens de 16 anos, como forma de aumentar o contingente de soldados prontos para combate.