Depois de se juntar à resistência contra o bakufu, Gintoki e sua gangue estão se escondendo, junto com Katsura e seus rebeldes Joui. O Yorozuya é logo abordado por Nobume Imai e dois membros do Kiheitai, que explicam que os piratas Harusame se voltaram contra o Capitão Kamui da 7ª Divisão e seu ex-aliado Takasugi. Os Kiheitai oferecem uma tarefa a Gintoki: encontrar Takasugi, que está desaparecido desde que seu navio foi emboscado em um ataque a Harusame. Nobume também faz uma revelação impressionante sobre o Tendoushuu, uma organização secreta que puxa as cordas de várias facções, e seu líder Utsuro, a figura sombria com uma semelhança fantástica com o antigo professor de Gintoki. Pegando uma carona na nave espacial de Sakamoto, o Yorozuya e Katsura partiram para Rakuyou, o planeta natal de Kagura, onde as várias facções se reuniram e as tensões estão se formando. Rancores de longa data, lutas políticas e o plano sinistro e abrangente do Tendoushuu finalmente culminam em uma batalha massiva e decisiva em Rakuyou.