Itsuka Shido é um garoto do ensino médio. No último dia das férias de primavera, uma explosão destrói a cidade e uma garota de armadura aparece na frente dele. Shido irmã-por-lei, Kotori, lhe diz que a garota é chamada de "Criatura Especial Desastrosa: Spirito", o que causa um terremoto no espaço-tempo. Kotori revelou que ela é a comandante da Ratatosk organização anti-espírito e ordena ele ir em um encontro com a garota espírito. Kotori diz, "Eu não peço que você force a garota espírito, Basta deixá-la se apaixonar por você e em seguida salve o mundo."