A história começa com Geo Stelar (Subaru Hoshikawa , no Japão), filho de um cientista astronômico que desenvolve uma tecnologia onde colocaria os humanos em contato com extra-terrestres. Algo dá errado e o pai de Geo desaparece.Então, seu filho sai em busca de seu pai, encontrando seus seus óculos especiais, que permitem a visão de ondas eletromagnéticas, e usa-os só por curiosidade. O que ele vê é algo bem diferente: duas ondas que parecem lutar entre si, quando uma delas ataca Geo.Nosso herói descobre então a existência de duas raças: os FM-ian e os Omega-Xis. Ao juntar as duas ondas eletromagnéticas, surge o novo Mega Man... Baixe e confira!