A história se passa em 2092, 80 anos após os eventos descritos em Macross clássico, mudou a vida de ambas as raças humanas e Zentraedi. O SDF-1 Macross ainda existe, assim como o sistema de defesa da ONU, que tem sido empregada com sucesso para impedir a ameaça Zentradi rebeldes desde então ambas as raças estão em paz na Terra, no entanto, uma nova raça alienígena humanoide chamado Marduk (Mardook na versão original em japonês), chega no Sistema Solar com escravizados guerreiros Zentradi e Meltlandi que são aparentemente não afetado pela músicas da Minmay. O Marduk empregar suas próprias cantoras, chamadas de emuladores, que aumentam a capacidade de combate alem do normal,.através do canto incitando seus guerreiros gigantes a lutarem. A história centra-se em repórter Hibiki Kanzaki, que está preso no meio da ação quando ele resgata uma emuladora, Ishtar enquanto cobria uma batalha entre a ONU e os Marduk. Hibiki passa a lhe ensinar sobre a cultura da Terra, que ela depois compartilha com o resto dos Marduk. No entanto, o líder Marduk, imperador Ingues, considera cultura da Terra como herege. Com a ajuda do piloto de caças Silvie Gena, Hibiki e tentativa de Ishtar para acabar com a guerra.