Não demora muito tempo até Nowaki declarar que, desde o momento em que viu Hiroki chorando, apaixonou-se por ele. Obviamente, Hiroki fica muito confuso com a declaração e vê sua vida mudar repentinamente, como se tivesse sido atingida por um tufão.

Junjou Terrorist: Parece uma brincadeira do destino quando a vida de You Miyagi, professor de Literatura para quem Hiroki Kamijou trabalha, cruza com o colegial Shinobu Takatsuki, filho de seu chefe e, ainda por cima, irmão de sua ex-esposa. O garoto, que fala qualquer coisa que lhe vem à cabeça, declara seu amor a Miyagi, pedindo a ele que agora arque com as conseqüências, pois esse era seu destino.

O grande problema está no fato de que Miyagi nunca mais amou ninguém (nem mesmo sua ex, irmã de Shinobu) desde sua falecida professora. Sem saber explicar o porquê, ele ainda guarda lembranças dela, visita seu túmulo todos os anos e acha impossível apaixonar-se novamente sem sentir que está traindo a sensei.

Como um terrorista, Shinobu invade e destrói o estilo de vida de Miyagi, mudando drasticamente seu coração e fazendo com que o professor experimente um sentimento novo, para o qual ele estava destinado.